قديمی‌ترين بنای تاريخی اصفهان را بايد مسجد جامع يا مسجد جمعه تلقی کرد. سیمای فعلی مسجد عمدتا مربوط به اقدامات دوره سلجوقی است؛ اما تعميرات و الحاقات آن به دوران‌ بعد، به‌خصوص عصر صفويان مربوط می‌شود. گرچه در کاوش‌های باستان‌شناسی آثاری متعلق به دوران آل‌بويه و قرن سوم هجری کشف شده‌اند. در همين کاوش‌ها آثاری از دوران قبل از اسلام نيز به دست آمده است. بخش‌های مختلف مسجد جامع اصفهان که در آخرین نشست کمیته میراث جهانی یونسکو به فهرست جهانی افزوده شده است، نزدیک به دوهزار سال شکل گرفته‌ و طی این سال‌ها در حال مرمت یا بازسازی بوده است. مهم‌ترین طرح‌های توسعه مسجد جامع اصفهان در دوران آل‌بویه و پس از آن، در دوران حکومت صفویه شکل گرفته است. قسمت هایی از این مسجد از جمله مدرسه ی مظفری و شبستان 18 ستون امکان بازدید عمومی ندارد . مدرسه مظفریه مسجد جامع اصفهان توسط سلطان محمود آل مظفر بنا گردید. این مدرسه در جایی ساخته شده است که به صفه عمر نیز شهرت دارد. فضاهای این قسمت را یک ایوان با طاق آهنگ، دو راهروی کنار آن با طاق چهار بخش و یک شبستان بزرگ با طاق خوانچه پوش و یک تاق مرکزی در بر می گیرد.